Coğrafi işaret tescilinde amaç o yöresel ürünü korumak ve hatta yaygınlaştırmak olduğundan 555 sayılı KHK ve yönetmeliği de ilgili coğrafi işaretin ortak özelliklerinin belirlenmesi, ilgili kurumlarca kabul edilmesi ve tescil edilmesi üzerine kuruludur. Yani; Bir coğrafi işaretin tescili için öncelikle o ürünün ortak özellikleri, varsa üretim şekilleri, o ürünün oluşması için coğrafi şartların şart olup olmadığı gibi kriterlerin oluşturulması gereklidir. Bu kriterler ile birlikte kullanılacak “markanın” netleştirilmesi gereklidir. Markadan kasıt coğrafi işaretin nasıl anıldığının netleştirilmesidir. Oluşturulan veya zaten var olan ama standartlaşmayan bu özelliklerin netleştirilmesi ile coğrafi işaret başvurusu bir dilekçe ile Türkiye’de Türk Patent Enstitüsüne, yurt dışında ise Dünya Ticaret Örgütünün TRIPS anlaşmasına uygun davranan ülkelere başvurusu yapılır.
Türkiye’deki başvuruda Türk Patent Enstitüsü (TPE) kendisine yapılan başvuruyu inceler. İncelemeyi bir üniversiteye veya uzman kuruma yaptırabilir. İncelemeden olumlu olarak geçen başvurular resmi gazetede yayınlanır ve aynı zamanda yüksek trajlı bir ulusal gazetede yayınlanır. Yayınlanan bu başvurulara herhangi bir kişi veya kurum görüş verebilir ve itirazda bulunabilir. Bu görüş ve itirazlar söz konusu coğrafi işaretin oluşması ve özellikleri ile ilgilidir. Eğer görüş ve itirazlar olursa TPE bu görüş ve itirazları başvuru sahibine bildirir ve karşı görüş ister. Bu incelemelerde (ve varsa itirazlarda) TPE coğrafi işaretin tescilini haklı bulduğunda tescile karar verilir. Coğrafi işarete yönelik itirazlarda süreç 6 aydır. Bu süreçte itiraz sahibi, söz konusu coğrafi işaretin usulüne uygun olmadığı veya tescile uygun olmadığını ispat edebilirse coğrafi işaretin reddi söz konusudur.
Türkiye’deki coğrafi işaret başvurularında büyük çoğunlukla tescil edilmektedir. Ancak konu hakkında bilinç seviyesi düşük olduğundan dolayı birçok coğrafi işaret gerçek hak ettiği standartlarda tescil almamakta, bu ise asıl ürüne zarar vermektedir.